转录因子(TF)在动植物的生长发育及其对外界环境的反应中起着重要的调控作用。在基因组学和表观遗传学研究中,转录因子结合位点(TFBS)的发掘一直是研究热点。传统的染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)方法,在抗体质量很好的情况下能够有效检测到TFBS。然而,好的抗体可遇不可求,这限制了ChIP-seq更广泛的应用。
2016年,O'Malley RC等人在Cell上发表了使用DAP-seq技术,快速绘制转录因子调控靶向DNA区域的顺反组和表观组图谱的文章。2017年,Bartlett A等人在Nature Protocols上发表了DAP-seq的实验方法。
参考文献:
DAP-seq与ChIP-seq技术比较:
技术名称 | DAP-seq | ChIP-seq |
---|---|---|
实验模式 | 体外 | 体内 |
是否需要特异性抗体 | 否 | 是 |
是否适用于非模式物种 | 是 | 否 |
时间成本 | 低 | 高 |
是否高通量 | 是 | 否 |
DAP-seq技术不仅可以用于模式物种的研究,同样适用于非模式物种,尤其是植物。因此,DAP-seq技术的出现,使TFBS的研究不再局限于任何生物,不再受抗体质量的限制,为生命科学领域转录因子的研究提供了新型高效的工具。
【录播视频】DAP-seq技术在生物学研究中的应用https://www.biomart.cn/v3/webinars/detail/2751
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服务优势:
实验流程:
【动画视频】DAP-seq(DNA亲和纯化测序)技术流程https://www.biomart.cn/v3/webinars/detail/2750
DAP-seq技术流程图
生信分析:
对原始数据进行去除接头、污染序列及低质量 reads 的处理 数据产出统计 参考序列比对分析 测序reads富集区域扫描(Call Peak) Peak在基因功能元件上的分布统计 |
Peak序列模式发掘(motif search) 已知motif注释 Peak相关基因鉴定 Peak相关基因的GO和KEGG富集分析 测序数据的可视化分析 |
已做物种:
植物 | ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
拟南芥 | 茎瘤芥 | 甘蓝型油菜 | 白菜型油菜 | 不结球白菜 | 菜心 | 小麦 | 大麦 | 花生 |
辣椒 | 番茄 | 草莓 | 黄花棘豆 | 苦荞 | 红薯 | 木薯 | 马铃薯 | 普通烟草 |
人参 | 鸭茅 | 罂粟 | 甘蔗 | 短芒大麦草 | 二色补血草 | 烟草 | 百脉根 | 芍药 |
丹参 | 狗尾草 | 菠菜 | 玉米 | 大豆 | 高粱 | 藜麦 | 陆地棉 | 甜瓜 |
黄瓜 | 葡萄 | 灰毡毛忍冬 | 粉葛 | 三叶青 | 猕猴桃 | 香蕉 | 蒺藜苜蓿 | 紫花苜蓿 |
伴矿景天 | 苔藓 | 地钱 | 毛果杨 | 717杨 | 84K杨 | 小黑杨 | 胡杨 | 山新杨 |
小叶杨 | 欧美杨 | 大青杨 | 毛白杨 | 刚毛柽柳 | 白桦 | 光皮桦 | 油松 | 毛竹 |
麻竹 | 银杏 | 油桐 | 荔枝 | 柑橘 | 甜橙 | 欧洲云杉 | 核桃 | 柿子 |
闽楠 | 木荷 | 脐橙 | 板栗 | 枣 | 枳 | 杜梨 | 苹果 | 桃 |
樱桃 | 麻疯树 | 茶树 | 梅 | 月季 | 海岛棉 | 白木香 | 橡胶树 | 三角褐指藻 |
芥蓝 | 蓝花耧斗菜 | 盐芥 | 无花果 | 菠萝 | 西瓜 | 甘薯 | 竹叶花椒 | 玫瑰 |
动物 | ||||
---|---|---|---|---|
驴 | 飞蝗 | 新孢子虫 | 烟粉虱 | 草地贪夜蛾 |
真菌 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
拟轮枝镰孢菌 | 猪苓真菌 | 意大利青霉 | 草酸青霉 | 腐霉 | 金黄壳囊孢 | 灵芝 |
糙皮侧耳 | 草菇 | 灰盖鬼伞 | 虫草 | 亚洲镰刀菌 | 蝗绿僵菌 |
细菌 | |||||
---|---|---|---|---|---|
路德维希肠杆菌 | 嗜热厌氧杆菌 | 生氮假单胞菌 | 伯克赫尔德氏菌 | 布鲁氏菌 | 肺炎克雷伯菌 |
部分文章:
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